Le service de mycobactériologie conduit des projets de recherche sur la mise en œuvre des algorithmes de diagnostic les plus récents.  Grâce notamment au financement de Expand-TB UNITAID (Expanding Access for New diagnostic tools) et OFID/RIIP (OPEC Fund for International Development), le CPC dispose d’un plateau technique avec tous les outils de diagnostic de la tuberculose validés par l’OMS pour faciliter la surveillance de la TB multirésistante : microscopie, culture liquide (MGIT), culture solide, test d’identification et de résistance moléculaires (GenXpert, Hain), spoligotyping, RFLP. La culture se fait sous poste de sécurité microbiologique au sein du laboratoire BSL-3 du CPC. Cette expertise est utilisée pour évaluer les outils de diagnostic et proposer au programme national de lutte contre la tuberculose, des algorithmes adaptés aux différents types de patients. 
Grâce au projet EXPAND-TB une nouvelle base de donnée, développée sur l’application web Ubuntu dénommée « EXTBCAM » à partir du formulaire standardisée de demande d’examen,  a été mise en place et permet la déclaration rapide des patients détectés multi résistants. Un nouvel algorithme a été adopté pour les patients en retraitement suspects d’être porteurs de souches MDR.