L’une des principales missions du CPC est de contribuer au renforcement de la surveillance des maladies auprès du MINSANTE et du MINEPIA à travers deux actions : l’appui au fonctionnement à la veille sanitaire et l’analyse des données de surveillance.

Cette mission se réalise à travers la participation du CPC aux grands programmes nationaux et internationaux de lutte contre les maladies particulièrement celles à risque épidémique pour le Cameroun mais aussi pour la sous- région Afrique centrale.

Bien que Laboratoire National pour différentes maladies, l'expertise du CPC lui donne souvent une dimension sous régionale. Il reçoit et analyse ainsi des échantillons des autres pays. Toutes ses analyses sont soumises au contrôle de qualité externe selon les recommandations de l’OMS. Les bases de données sont partagées de façon hebdomadaire avec le MINSANTE et tous les organismes impliqués. Par note Ministérielle E2107/L/MINSANTE/SG/DPML/SDLTS/SL du 18/08/2015 désignant la liste officielle des laboratoires de référence pour les différentes maladies sous surveillance épidémiologique, le CPC a été désigné référent pour 28 maladies. La surveillance a été étendue aux virus apparentés du virus de la variole.