Les instituts, partenaires et associés dans des collaborations en matière de recherche scientifique, de services de santé publique et de formation, adhèrent au Réseau sur la base du volontariat. L’admission est décidée par le Conseil des Directeurs du Réseau International.

Le Conseil des Directeurs, composé des Directeurs de chacun des instituts membres, est présidé par le Directeur Général de l’Institut Pasteur à Paris. Il se réunit deux fois par an et élit douze représentants à l’Assemblée de l’Institut Pasteur. Un Vice-Président est élu pour trois ans. Au cours de ce conseil, les Directeurs font part des progrès ou problèmes des programmes communs du Réseau International auxquels ils participent et décident de la mise en place de nouveaux échanges ou collaborations entre les instituts intéressés par les programmes proposés.

Le Bureau exécutif du Réseau, créé en 2003, est présidé par le vice-président du Conseil des Directeurs et composé des directeurs désignés par les instituts des régions et du Directeur Général de l'Institut Pasteur.

Le Réseau s’est doté d’un budget commun, chaque institut y participant à hauteur de 0,2 % de son propre budget. Ce fonds commun, géré par le Bureau exécutif, soutient les actions communes d’enseignement, la mobilité des chercheurs et la mise en œuvre de la stratégie scientifique. Le bureau exécutif est chargé de l’application et du suivi des programmes financés par le budget commun.

Une Charte des valeurs pasteuriennes et une Déclaration des valeurs pasteuriennes partagées ont été adoptées par l’ensemble des membres du Réseau. Tous les textes fondateurs du RIIP sont regroupés dans un seul document.

Les 32 instituts ont signé en 2010 le nouvel Accord de Collaboration du Réseau International des Instituts Pasteur.

La coordination des activités communes et la gestion des Instituts Pasteur sont assurées par la Division International. Elle gère également les financements et les personnels mis à la disposition de certains instituts par l’Institut Pasteur à Paris ou le gouvernement français.

L'Institut Pasteur à Paris met a à la disposition du Réseau International des moyens en personnel pour assurer son bon fonctionnement.