Le Centre Pasteur du Cameroun (CPC) est désormais à mesure de réaliser le séquençage du génome du virus de la variole du singe (Monkeypox) chez les cas suspects identifiés par le système de surveillance national. 

Du 24 au 28 juillet 2023, la plateforme génomique du CPC, aménagée avec le soutien de nos différents partenaires dont AFROSCREEN, a été l’hôte d’une formation de séquençage partiel du génome du virus Mpox en utilisant la technologie Oxford Nanopore. Cette formation qui est la première au Centre Pasteur et pour le Cameroun a permis d’accroitre l’expertise du CPC sur le séquençage qui va désormais au-delà du SARS-CoV-2. Elle permet également de pousser le diagnostic au-delà de la détermination des clades viraux et offre la possibilité d’accroitre nos connaissances concernant les souches en circulation. La nouvelle technique actuellement mise en place au CPC, permettra de mieux renseigner le ministère de la Sante publique en termes de diversité génétique et de la potentielle origine des souches virale infectant la population camerounaise. 

Les analyses bio-informatiques préliminaires des données obtenues permettent de dire que l’épidémie du Mpox au Cameroun n’est pas liée à l’épidémie mondiale et les souches virales en circulation seraient unique au Cameroun. L’épidémie du Mpox au Cameroun aurait une origine zoonotique accompagnée d’une transmission intrafamiliale. Des analyses plus complètes sont en cours et feront l’objet d’une publication scientifique très prochainement. 

Par ailleurs, la formation permet de développer une nouvelle expertise dans le cadre de la surveillance du Mpox au Cameroun. 

L’équipe de formateurs composée du Professeur Li Yu et du Dr Yoshinori Nakazawa, est une équipe d’éminents experts du laboratoire de sante publique du Centers for Disease Control and Prevention (CDC) à Atlanta, expérimentée dans le développement de nouvelles techniques de diagnostic pour le Mpox depuis plusieurs décennies. La formation en elle-même, s’inscrit dans le cadre d’une collaboration de longue haleine et toujours fructueuse entre le CPC et le CDC.

« La propagation géographique de la variole du singe dans des parties de l’Afrique où aucun cas n’a encore été détecté est un signe inquiétant », indiquait Dr Matshidiso Moeti, la Directrice régionale de l’OMS pour l’Afrique. « Il est essentiel que nous accompagnions les efforts des pays pour renforcer la surveillance et le diagnostic en laboratoire, qui sont les pierres angulaires de la lutte contre la maladie. ». 

En vue de comprendre les schémas de transmission de la variole du singe, l’OMS apporte son appui aux pays afin qu’ils tirent parti des capacités améliorées de séquençage génomique acquises pendant la pandémie de COVID-19.  Le Centre Pasteur du Cameroun a bénéficié d’un de ses appuis par la réception en mai 2022 d’un séquenceur Illumina. La prochaine étape sera de séquencer au CPC le génome complet du virus de la Variole du singe sur la plateforme Illumina.

Il convient cependnat de rappler que la plateforme de séquençage du CPC a été mise sur pied en 2021 dans la cadre du projet AFROSCREEN qui vise le renfocement des capacités de surveillance et de séquençage des laboratoires en Afrique afin d'assurer un suivi éfficace. de la circulation des virus dans 13 pays africains.