Unité Mycobactériologie

RECHERCHE - UNITÉ DE BACTÉRIOLOGIE

À côté des activités qu’il mène dans le domaine des analyses médicales, le laboratoire de Bactériologie, Parasitologie et Mycologie du Centre Pasteur du Cameroun participe activement à l’initiative UTI-Diag, dédiée à l’amélioration du diagnostic des infections urinaires. Cette initiative a pour ambition de proposer des outils rapides, précis et accessibles. En contribuant à la lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM), UTI-Diag vise également à combler les lacunes en matière de soins, notamment dans les zones à faibles ressources, en favorisant le diagnostic des infections urinaires et la détection des gènes responsables desdites infections.

Équipe de recherche

• Dr Rosanne NGOME
• Dr Sara EYANGOH
• Dr Serges TCHATCHOUANG
• Dr Pierrette SIMO
• Dr Larissa TAGNE

Chef d’équipe :

Dr Rosanne NGOME — Médecin biologiste formée à la Faculté de Médecine de PARAKOU au Bénin et à la Faculté de Médecine et des Sciences Biomédicales de l’Université de Yaoundé I, le Dr NGOME est également titulaire d’un Diplôme Interuniversitaire d’Antibiologie et d’Antibiothérapie obtenu à l’Université NAZI BONI du Burkina Faso. Elle dirige le Service de Bactériologie-Parasitologie-Mycologie du Centre Pasteur du Cameroun depuis 2020. Profil LinkedIn

• Sara EYANGOH — Microbiologiste de renom avec plus de 20 ans d’expertise en maladies infectieuses tropicales, le Dr Sara EYANGOH est titulaire de plusieurs doctorats et d’une HDR. Elle combine recherche de pointe et diplomatie en santé mondiale pour transformer le diagnostic et le contrôle des maladies mycobactériennes en Afrique subsaharienne. Actuellement Directrice Scientifique au Centre Pasteur du Cameroun, elle coordonne un réseau régional de laboratoires dédiés aux maladies tropicales négligées, alliant science, leadership et impact global. Profil LinkedIn
• Pierrette SIMO — Dr Simo est une microbiologiste titulaire d’un PhD option Biologie Santé/Infectiologie Tropicale, obtenu en co-tutelle entre l’Université de Limoges (France) et l’École Doctorale Régionale en Infectiologie Tropicale (EDR) du Gabon. Actuellement responsable du Laboratoire d’Hygiène et Environnement, section microbiologie (LHEm) du Centre Pasteur du Cameroun, elle travaille sur la résistance aux antimicrobiens affectant les secteurs humain, animal et environnemental (approche « Une seule santé »). Profil LinkedIn
• Larissa TAGNE — Dr Larissa TAGNE est pharmacienne biologiste au Centre Pasteur du Cameroun. Elle a notamment travaillé au laboratoire de Bactériologie, Parasitologie et Mycologie du CPC. Elle est actuellement responsable du Centre Pasteur du Cameroun, Annexe de Garoua. Profil LinkedIn

L’une des principales missions du CPC est de contribuer au renforcement de la surveillance des maladies auprès du MINSANTE et du MINEPIA à travers deux actions : l’appui au fonctionnement à la veille sanitaire et l’analyse des données de surveillance.

Cette mission se réalise à travers la participation du CPC aux grands programmes nationaux et internationaux de lutte contre les maladies particulièrement celles à risque épidémique pour le Cameroun mais aussi pour la sous- région Afrique centrale.

Bien que Laboratoire National pour différentes maladies, l’expertise du CPC lui donne souvent une dimension sous régionale. Il reçoit et analyse ainsi des échantillons des autres pays. Toutes ses analyses sont soumises au contrôle de qualité externe selon les recommandations de l’OMS. Les bases de données sont partagées de façon hebdomadaire avec le MINSANTE et tous les organismes impliqués. Par note Ministérielle E2107/L/MINSANTE/SG/DPML/SDLTS/SL du 18/08/2015 désignant la liste officielle des laboratoires de référence pour les différentes maladies sous surveillance épidémiologique, le CPC a été désigné référent pour 28 maladies. La surveillance a été étendue aux virus apparentés du virus de la variole.

Le paludisme

Le Service de Recherche sur le Paludisme du Centre Pasteur du Cameroun, vise à améliorer la connaissance sur la transmission du paludisme au Cameroun, afin d’y développer des stratégies de lutte plus efficaces. C’est ainsi que depuis quelques années, des activités de recherche fondamentale et appliquée sur la pandémie sont menées. Le but étant non seulement de mieux comprendre la dynamique de la transmission de la maladie, mais aussi d’évaluer l’impact des mesures de lutte mises en œuvre. Cette approche permettra d’améliorer la politique nationale en matière de lutte contre la maladie. Les thématiques d’intérêt abordées portent sur la surveillance de la résistance aux antipaludiques, les études sur la pathogénicité et les mécanismes de la réponse immunitaire de l’hôte vis à vis du parasite, l’identification de nouveaux candidats vaccins et molécules antipaludiques, et le développement des nouveaux tests de diagnostic. Les chercheurs de ce Service conduisent des projets de recherche en collaboration avec de nombreux partenaires nationaux et internationaux, et participent activement au renforcement des capacités locales par le biais d'offres de stages de formation et d’encadrements des étudiants. Ce Service est reconnu comme Laboratoire National de Référence pour le diagnostic et la surveillance de la résistance aux antipaludiques au Cameroun. Il abrite une large collection d'échantillons de sang, représentant les différentes formes cliniques de paludisme qu’on peut y rencontrer au Cameroun.

Principaux axes thématiques

Le Service comprend trois équipes de recherche majeures dont les axes thématiques sont les suivants:

1-Epidémiologie moléculaire et pathogénicité du paludisme (Chef d’équipe, Pr EBOUMBOU Else Carole): l’équipe mène des études sur la répartition et la dynamique de la transmission du paludisme au Cameroun, et sur l’identification des facteurs de risque associés. En plus, elle est chargée de la surveillance de la chimiorésistance, et la confirmation du diagnostic des infections palustres.

2-Interaction vecteur-parasite (Chef d’équipe, Pr NSANGO Sandrine Evéline): les activités de cette équipe sont axées sur l’étude de la réponse immunitaire du moustique suite à une infection par le Plasmodium. Elle est aussi impliquée dans l’identification et le développement des vaccins bloquant la transmission.

3-Recherche appliquée (Chef d’équipe, Dr AYONG Lawrence): l’équipe est impliquée dans le développement de nouveaux tests de diagnostic peu coûteux pour le paludisme. Elle se penche également sur l’identification de nouvelles molécules antipaludiques en collaboration avec des nombreuses institutes de recherches nationales et internationales.

EN CONSTRUCTION....

Les virus des hépatites et autre virus oncogènes

Cancer du foie en Afrique Equatoriale : Caractérisation de nouveaux biomarqueurs sériques du cancer primitif du foie chez les patients en Afrique Equatoriale (Pr Njouom)

Objectif: ce travail vise à identifier ses facteurs étiologiques infectieux/non infectieux; évaluer l’influence des différents génotypes et variants viraux sur son développement et décrire la génétique somatique des tumeurs hépatiques.

Etat d’avancement

A ce jour, 88 cas de CHC, 85 témoins 1 et 140 témoins 2 (100 pour le VHB et 40 pour le VHC) ont été inclus dans cette étude. Les analyses sérologiques du VHB et VHC chez les cas et les témoins 1 ont révélés que ces deux virus sont fortement associés au développement du CHC au Cameroun avec des prévalences respectives de (64 % et 26%) chez les sujets avec CHC contre (10% et 4,3%) chez les témoins 1 sans CHC. Les analyses phylogénétiques du VHB ont révélé la circulation de deux génotypes

A et E dans notre population d’étude avec une présence 35/42 génotypes A (83,3%) et 7/42 génotypes E (16,7%) chez les cas contre 13/44 génotype A (29,5%) et 31/44 génotype E (70,5%) chez les témoins 2. Les analyses phylogénétiques du VHC ont révélé la circulation des trois génotypes 1, 2 et 4 dans notre population d’étude avec une présence de 7/17 génotype 4 (41,2%), 5/17 génotypes 2 (29,4%) et 5/17 génotype 1 (29,4%) chez les cas contre 2/8 génotype 1 (25%), 4/8 génotypes 2 (50%) et 2/8 génotype 4 (25%) chez les témoins 2. L’évaluation de la sérologie du VHD chez tous les patients présentant un résultat positif en AgHBs a révélé que sur les 54 cas de CHC testés 21 (38,9%) étaient positif tandis que chez les témoins sains sans cancer seul 1/6 (16,7%) patients testés a présenté un résultat positif en AcAnti-VHD.

Les mutations des gènes Pre-S et C ont déjà été déterminées. Comme résultat, les mutations C1766T, T1768A et G1862T/A du gène C du VHB n’ont été retrouvées que chez les cas tandis que les mutations C2875A, G2951C et C3116T du fragment pre-S du VHB ont été significativement retrouvées chez les cas comparé aux témoins hépatite B positifs. Ces mutations pourraient donc être fortement impliquées au développement du CHC chez les patients infectés par le VHB.

Epidémiologie des hépatites virales B, C, et delta au Cameroun : analyse des échantillons de l’Enquête Démographique de Santé 2011 (EDS Hépatites virales). Projet ANRS 12289 (Pr Njouom)

Objectifs : fort de la disponibilité des données et de la biothèque de l’Enquête nationale Démographie et Santé (EDS, DHS) réalisée en 2011au Cameroun, Ce projet a été initié pour étudier la séroprévalence, la distribution et les facteurs associés aux infections VHB, VHC, et delta sur un échantillon représentatif de la population générale et déterminer la contribution de la transmission iatrogène historique du VHC à l’épidémie actuelle au niveau du Cameroun

Activités menées et Conclusions

Les analyses donnent les chiffres des prévalences nationales suivantes : Hépatite virale B : 11,9% (IC95% : 11,0% - 12,8%) ; Hépatite virale C : 1,03% (IC95% : 0,8% - 1,6%) ; Hépatite virale D : 10,5% (IC95% : 8,7% - 12,7%).

Les résultats de cette étude montrent que le Cameroun pourrait être considéré comme une région de faible endémicité pour l’hépatite C et de forte endémicité pour les hépatites B et D. Les prévalences sont très hétérogènes dans le pays indiquant des profils épidémiologiques différents dans certaines régions administratives du Cameroun.

Les prévalences de l’hépatite virale B sont significativement différentes selon les âges, elles se situent entre 11 et 13% chez les sujets de moins de 45 ans et entre 8 et 9% chez les plus de 45 ans (p<0,05). Les populations rurales sont plus touchés que celles des zones urbaines (13,3% vs 10,7%, respectivement p<0,05). Ces prévalences sont aussi significativement différentes selon les régions administratives avec des régions de l’Extrême Nord et du Nord (17,7% et 17,5%, respectivement) qui sont les plus touchées.

Chez les sujets infectés par le VHB, les prévalences de l’hépatite D varient aussi significativement selon les âges, les personnes âgées de plus de 45 ans sont les plus touchés à plus 16,8%. Les prévalences de l’hépatite D sont aussi significativement différentes selon les régions administratives avec des régions de l’Est et du Sud (53,7% et 48,5%, respectivement).

Les prévalences de l’hépatite C augmente significativement avec l’âge variant d’environ 1% chez les moins de 45 ans, à plus de 3% les sujets âgés de 45 à 55 ans et à environ 7% chez les sujets de plus de 55 ans. Une de nos études récentes réalisée chez les personnes âgées de plus de 60 ans à Ebolowa a montré des prévalence d’environ 50% dans cette tranche de population (Pépin et al., 2010). Les populations rurales sont plus touchés que celles des zones urbaines (1,2% vs 0,9%, respectivement p<0,05). Ces prévalences sont aussi significativement différentes selon les régions administratives avec des régions du Centre (2,4%) qui est la plus touchée.

Au final, les populations à risque varient en fonction des types de virus hépatites : Hépatite B chez jeunes de moins de 45 ans (Prévalence de plus de 10%) et Hépatite C chez personnes âgées de plus de 55 ans (Prévalence environ 7%)

Les stratégies de lutte contre chacune de ces hépatites virales devraient tenir compte des populations à risque : Hépatite B chez les jeunes et Hépatite C chez des personnes âgée Etude observationnelle de l'efficacité de la vaccination contre l'hépatite B (HB) commencée dès la naissance et suivi du programme élargi de vaccination comprenant la valence PEV-HB, chez les enfants nés de mère AgHBs positives, dans le district de Tokombéré, Cameroun. ANRS 12303 (Pr Richard NJOUOM)

Objectifs:

Evaluer l'efficacité d'une "prévention de la TME (PTME) du VHB ciblée" débutée depuis 2009 grâce au soutien du GEMHEP, à Tokombéré, consistant à dépister systématiquement en cours de grossesse le VIH et l'AgHBs, pour instaurer une vaccination HB, dès la naissance, des enfants de mère AgHBs+, sans immunoglobulines anti-HBs (IgHBs), suivie d’une administration ultérieure des 3 injections du PEV-HB à 6, 10, et 14 semaines.

L'objectif principal est d’évaluer l’efficacité de la vaccination dans la population cible en estimant le taux de transmission mère-enfant chez les enfants nés de mères AgHBs+ vaccinés à la naissance (échecs de la vaccination HB dès la naissance).

L’objectif secondaire est d’étudier les facteurs de risque associés à ces échecs (délai de la vaccination)

Conclusions sur le déroulement du projet pendant la période concernée

Le recrutement des couples mère-enfants est actuellement en cours à Tokombéré. Les prélèvements sanguins sont collectés chez ces derniers et seront acheminés au moment opportun au CPC et au CHU d’Anger en France pour les analyses sérologiques et moléculaires VHB. Pour le moment la situation sécuritaire dans l’Extrême Nord du Cameroun a freiné le rythme du recrutement.

 Evaluation de la performance de trois tests de diagnostic rapide pour la détection des anticorps anti-virus de l’hépatite C au Cameroun.

Acronyme : (ANRS HEPATITE 12336) (Pr Richard NJOUOM)

Objectif de la recherche

- Evaluer les performances de trois tests (Multisure HCV Antibody Assay, First Response®HCV Card Test et Toyo® Anti HCV Test) de diagnostic rapide pour la détection des anticorps anti-virusde l’hépatite C au Cameroun.

- Déterminer la sensibilité, la spécificité, les valeurs prédictives (positive et négative), les valeurs de vraisemblance (positive et négatives) et l’aire sous la courbe ROC de ces 3 TDR sur plasma.

- Déterminer la sensibilité, la spécificité, les valeurs prédictives (positives et négatives), les valeurs de vraisemblance (positive et négative) et l’aire sous la courbe ROC (Receiver Operating Curve) du test Multisure sur sang total déposé sur papier buvard (DBS).

Etat d’avancement :

Une étude rétro-prospective a visé transversale a été menée au Centre Pasteur du Cameroun (CPC) sur une période de 6 mois de Juillet à Décembre 2016. En utilisant comme référence le test immunoenzymatique commercialisé par ABBOTT Diagnostic (Architect anti-HCV), nous avons d’abord constitué un panel de 200 plasmas (100 positifs et 100 négatifs sur Architect anti-HCV) issues de la plasmathèque du CPC. Les trois tests utilisés (Multisure HCV Antibody Assay, First Response®HCV Card Test et Toyo® Anti HCV Test) ont été évalué sur plasma. Les DBS ont été reconstitués à partir de 200 échantillons de sang total (100 négatifs et 100 positifs) provenant des patients qui s’étaient rendus au CPC pour une sérologie HCV, sexe et âge confondus, suite à la demande de leur médecin traitant. Seul le test Multisure HCV Antibody Assay a été évalué sur DBS. Les performances de ces TDR ont été exprimées sous forme de sensibilité (Se), spécificité (Sp), valeur prédictive positive (VPP) et négative (VPN), rapport de vraisemblance positif (LR+) et négatif (LR-) ainsi que l’aire sous la courbe (ASC) ROC (Receiver Operating Curve).

L’évaluation des performances sur plasma a montré que la Se, Sp, VPP, VPN, LR+ et LR- ainsi que l’ASC des 3 TDR (Multisure, First Response®, et Toyo®) ont respectivement donné les valeurs suivantes : Se (99%, 96% et 96%), Sp (83%, 90% et 78%), VPP (85.3%, 96% et 89.7%), VPN (98.8%, 90% et 90.7%), LR+ (5.82, 9.6 et 4.3), LR- (0.01, 0.04 et 0.05) et ASC (0.96, 0.93 et 0.88). Sur DBS les résultats avec le test Multisure ont donné les valeurs suivantes : Se (71%), Sp (100%), VVP (100%), VVN (78.7%), LR+ (∞), LR- (0.27) et ASC (0.68).

Diagnostic et suivi des hépatites virales

Epidémiologie des hépatites virales B, C, et delta au Cameroun : analyse des échantillons de l’Enquête Démographique de Santé (EDS) 2011 ANRS 12 289-­‐HEPATITE C (Pr Njouom)

Objectifs : fort de la disponibilité des données et de la biothèque de l’Enquête nationale Démographie et Santé (EDS, DHS) réalisée en 2011au Cameroun, nous avons initié ce projet pour étudier la séroprévalence, la distribution et les facteurs associés aux infections VHB, VHC, et delta sur un échantillon représentatif de la population générale et déterminer la contribution de la transmission iatrogène historique du VHC à l’épidémie actuelle au niveau du Cameroun

Etat d’avancement : Toutes les analyses biologiques (sérologie VIH, VHC, VHB, delta) ont été réalisées chez un peu plus de 14000 échantillons recueillies au cours de l’enquête EDS 4. Je participe actuellement aux analyses statistiques.

Diagnostic et prise en charge des hépatites virales chroniques

La prévalence élevée du portage chronique des virus des hépatites B et C dans le Grand Nord Cameroun fait que la prise en charge des patients porteurs de ces virus est un problème qui se pose quotidiennement aux praticiens. Si les tests de diagnostic de portage viral sont facilement accessibles, l’accès aux tests permettant d’affirmer la réplication virale, le typage viral et l’évaluation du stade de l’hépatite est limité. Ces tests,  nécessaires  à une prise en charge thérapeutique adaptée au patient,  sont coûteux  et  il est indispensable qu’ils soient prescrits à bon escient. Le Docteur Richard NJOUOM, Chef du Service de Virologie  du Centre Pasteur du Cameroun de Yaoundé, auteur de plusieurs travaux de niveau international sur les thèmes de l’épidémiologie, le diagnostic et la prise en charge des hépatites virales chroniques B et C à organisé une réunion à Garoua au Cameroun le 3 novembre 2015. L’objectif de cette réunion était d’apporter un certain nombre de réponses aux questions pratiques telles que : Comment faire le diagnostic d’hépatite virale chronique ? Quel bilan réaliser lorsque ce diagnostic est posé ? Quelles sont les modalités de mise en place d’un traitement antiviral ? Quel suivi biologique proposer aux patients ?

Prévalence et diversité génétique du Virus des hépatites

 Prévalence et diversité génétique du Virus de l’hépatite E chez les populations porcines et humaines du Cameroun : Evaluation de la transmission inter-espèce.Ce projet coordonné par Richard Njouom est financé par l’Université de Californie à Los Angeles.

Epidémiologie des hépatites virales B, C, et delta au Cameroun : analyse des échantillons de l’Enquête Démographique de Santé (EDS) 2011. ANRS

Ce projet est une collaboration avec l’Institut Pasteur (Pr. Arnaud Fontanet) et les Universités de Sherbrooke, Canada (Dr J. Pépin) et Paris Diderot (G. Lachenal).

la démonstration de protocoles thérapeutiques efficaces, l’arrivée de produits génériques ou bio-similaires financièrement abordables devraient révolutionner la prise en charge des hépatites B et C dans les pays du sud. Il devient urgent pour les pays les plus touchés d’obtenir des estimations fiables du nombre de personnes infectées et susceptibles de nécessiter un traitement dans les années à venir.

Le Cameroun est un des pays d’Afrique Centrale les plus touchés par les hépatites virales chroniques, notamment l’hépatite C. Les données et la biothèque de l’Enquête nationale Démographie et Santé (EDS, DHS) réalisée en 2011 au Cameroun, représentent une opportunité unique d’étudier la séroprévalence, la distribution et les facteurs associés aux infections VHB, VHC, et delta sur un échantillon représentatif de la population générale. Le projet vise également à déterminer les facteurs associés à l’infection VHC et la contribution de la transmission iatrogène historique du VHC à l’épidémie présente.

Les sérologies VHB, VHC, et delta ainsi que la quantification de l’ADN du VHB seront réalisées sur 14700 prélèvements de sang capillaire collecté sur papier buvard (DBS) collectés dans le cadre de l’EDS 2011. La transmission iatrogène historique du VHC sera analysée grâce au géo-référencement des données EDS, par des analyses spatiales de corrélation entre l’infection au VHC et des cartes d’exposition historique à différents type d’interventions médicales.

Diagnostic moléculaire des Papillomavirus (HPV)

Les HPV ou papillomavirus humains  sont des virus  qui peuvent infecter la peau et les muqueuses. Il existe plus de 150 types de papillomavirus dont environ 40 peuvent infecter les organes génitaux des hommes et des femmes. Une vingtaine de types peuvent être à l’origine d’anomalies cellulaires modérées au sévères, de lésions précancéreuses et de cancers. En collaboration avec le service d’anatomopathologie, le service de virologie a mis en place le diagnostic moléculaire des HPV pour confirmer le diagnostic de suspicion réalisé sur les frottis cervico-vaginaux lors du dépistage des cancers du col de l’utérus. En 2012, 89 examens de diagnostic moléculaire (par détection de l’ADN viral sur FCV).