Le Centre Pasteur du Cameroun (CPC) partage une nouvelle publication scientifique de l’équipe du Professeur Richard Njouom, chef du Service de Virologie du CPC, consacrée aux causes des infections respiratoires aiguës au Cameroun, grâce à une technologie innovante : le séquençage métagénomique à haut débit (mNGS).

Au Cameroun, la surveillance nationale permet de détecter les cas de grippe. Cependant, lorsque les tests sont négatifs, les agents responsables des symptômes respiratoires restent souvent difficiles à identifier.
Pour mieux comprendre ces infections, les chercheurs du CPC ont analysé 199 prélèvements nasopharyngés recueillis entre septembre et décembre 2023 auprès de patients présentant des symptômes grippaux ou des formes sévères d’infections respiratoires aiguës.
Que révèle cette étude ?

Les analyses ont permis de mettre en évidence plusieurs résultats importants :
✅ Des séquences virales ont été détectées dans 120 prélèvements sur 199, soit 60,3 % des échantillons étudiés.
✅ Plusieurs virus respiratoires ont été identifiés, notamment le rhinovirus, le virus respiratoire syncytial (VRS), les virus parainfluenza et des entérovirus.
✅ Certains prélèvements présentaient plusieurs virus à la fois, avec 11 cas de co-infections virales identifiés.
✅ Des virus habituellement associés à d’autres types d’infections, ainsi que des séquences bactériennes et fongiques, ont également été détectés.

Pourquoi cette découverte est-elle importante ?

Le séquençage métagénomique permet de rechercher simultanément une grande diversité d’agents infectieux, sans se limiter à une liste prédéfinie de microbes. Cette approche ouvre ainsi de nouvelles perspectives pour mieux comprendre les infections respiratoires dont l’origine demeure inconnue après un test négatif à la grippe.
Toutefois, son utilisation à grande échelle reste confrontée à des défis, notamment le coût des analyses et le besoin de compétences spécialisées en bio-informatique. Des recherches complémentaires permettront également de mieux relier les agents détectés aux symptômes des patients.
À travers cette étude, le Centre Pasteur du Cameroun contribue au renforcement des connaissances scientifiques sur les infections respiratoires et au développement de méthodes innovantes de surveillance des maladies infectieuses.

Consulter l’article complet: IORV (2026) Metagenomic NGS Pathogènes Respiratoire Cameroon_Fatawou